行政院國家資通安全會報之組成已參酌先進國家作法，在決策層級成立任務編組之會報，再分由相關主管機關(單位)執行。目前會報下設「網際防護」及「網際犯罪偵防」二體系，網際防護體系包括標準規範、認知教育及人才培育、稽核服務、政府資通安全等4個組，除稽核服務組及政府資通安全組由行政院資通安全辦公室主責外，餘分由經濟部及教育部主責；至於網際犯罪偵防體系則包括個資保護及法制推動、防治網路犯罪及資通訊環境安全等3個組，分由法務部、內政部及國家通訊傳播委員會負責推動相關業務。
因應網路戰爭時代來臨，美、英、德、新、日等先進國家除於最高行政層級設資通安全政策規劃單位或任務編組外，並置協調推動及技術支援之專責單位。我國刻正推動資安三級制，未來行政院資通安全辦公室將專責國家資通安全會報幕僚作業及資通安全政策研議、科技部為資通安全主管機關並為技服中心法人化後之監督機關、技服中心為專責技術幕僚單位(未來將轉型為行政法人-國家資通安全科技中心)，以符合國際趨勢，促進我國資安防護體系及業務健全發展。